No se tiene noticias sobre los primeros habitantes que poblaron este bello lugar, pero se cree que fueron tribus como los Lencas, Chorotegas o Xicaques; este bello Municipio fué conocido tradicionalmente con el nombre de Surcagua, que significa “Lugar que tiene ranas”. Fué uno de los 10 distritos mineros de Tegucigalpa, a a principios del siglo XVI debido a las vetas de plata que fueron encontradas a sus alrededores, para 1581 se registraban 1500 minas, aunque solamente se trabajaban de 30 a 40 de ellas, en 1,962 la orden religiosa de Frailes de la Mercedes se estableció en la localidad minera aunque por muy poco tiempo.
Debido a que la actividad minera tuvo un auge suficientemente importante que enriqueció a la Corona Española, El Rery Felipe II de España, a manera de retribución donó una imagen de un Cristo crucificado con articulaciones móviles el 15 de Enero de 1,572, Siendo bautizado con el nombre de Señor de las Mercedes. Esta imagen puede ser vista en el interior de la iglesia, la cual no es tan antigua como el “Señor de las Mercedes” pero si data del periodo colonial.
Tanto la iglesia, conserva su riqueza colonial como la imagen, considerada milagrosa por la comunidad, Principalmente la Virgen de Santa Lucia, patrona de los aquejados de la vista, el 13 de Diciembre se celebra su dia, el cual es festejado por los habitantes con una noche Dicembrina en su honor.
En 1,971 Santa Lucia aparece como Curato, el cual era integrado por los pueblos de Tatumbla (Cabecera del Curato) y San Antonio. En la División política de 1,889 era un Municipio del Distrito de Tegucigalpa, para 1,887 y 1,889 se registraron 29 minas y a finales del siglo XIX la explotación de las minas fué poco a poco desvaneciendose debido al agotamiento de las minas de la zona y a las nuevas encontradas en Valle de Angeles y San Juancito las cuales eran mas productivas.
En el año de 1,920 Santa Lucia aparece por primera vez como Municipio .
Antiguamente para llegar a Santa Lucia partiendo de Tegucigalpa se hacia por 2 caminos de herradura, uno iniciaba en lo que hoy conocemos como Avenida Los Próceres y pasando por una aldea llamada “La Travesía” (Actualmente son las Colonias San Miguel y La Travesía), Seguidamente se subia la cuesta del cerro “La Mololoa”, este camino se dividía en dos rutas : Una por el lado Norte del cerro que descendia la cuesta “El Perrillo”. La otra ruta más corta por el lado sur del cerro que pasaba por un lugar llamado “Ocanto” desde donde se podía ver el pueblo y se llegaba a el.
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